南京生物医药创新转化研究院（以下简称“创新转化院”）于2025年4月15日学校发文成立。南京市人民政府和中国药科大学基于《共建南京生物医药创新转化研究院合作协议》，本着“坚持问题导向、目标导向、坚持改革创新、示范引领，坚持协同推进、开放共享”的原则，共同创建。

创新转化院以“汇聚创新资源，服务企业需求，促进产业发展，完善产业生态”为宗旨，在项目集聚、人才培养、成果转化、产业推进等方面充分发挥双方优势，形成集聚资源、培养人才、孵化项目、招引企业、发展产业全生态的新药创制转化“中国范式”。目前已成立南京生物医药创新转化研究院有限公司负责创新转化院的日常运营，学校选派技术和管理骨干、组建高水平科研平台、采购和维护仪器设备、并引进高层次人才。现已邀请国内外知名专家组成创新转化研究院专家委员会。

创新转化研究院所有研发品种均应围绕“以临床价值为导向”的基本原则，应平等纳入统一管理，遵循“项目遴选机制”。创新转化研究院定期征集校内外科研团队具有市场化前景的科研成果与创新技术，或双方共同基于新靶点、新机制、新技术提出原创新药合作开发。